Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Teknik Komputer Agamua Wamena Papua disingkat (STMIK) Agamua berdiri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 344/E/O/2012 tertanggal 12 Oktober 2012 menyelenggarakan 2 program studi yaitu program studi Teknik Komputer (D-3) dan Manajemen Informatika (S-1) kemudian dalam perjalanannya mengalami perubahan dengan nomor SK:187/KPT/I/2016. Perubahan ini terjadi disebabkan oleh karena kebutuhan mahasiswa untuk menempuh Pendidikan pada jenjang strata satu sangat tinggi sedangkan diploma kurang. Selain itu, perubahan jenjang ini dikarenakan oleh adanya keinginan stakeholder pengguna lulusan adalah sarjana Teknik Komputer.